The Rook volgt Myfanwy Thomas, een jonge vrouw die wakker wordt in een Londens park, zich totaal niets meer herinnert en achtervolgd wordt door schimmige paranormale vijanden. Ze worstelt met haar bovennatuurlijke vermogens en moet vechten om haar verleden na te gaan en haar positie terug te winnen binnen de geheime dienst van Groot-Brittannië, de Checquy. Dit alles voordat de verraders die haar geheugen hebben gestolen, kunnen afmaken waarmee ze begonnen zijn.