Afro Samurai is het epische verhaal van een zwarte samoerai die wraak wil nemen voor de dood van zijn vader. Als kind moet Afro toezien hoe zijn vader op brute wijze wordt vermoord. Het gevecht ging over de hoofdband van Afro's vader, de nummer één hoofdband, die de eigenaar goddelijke krachten zou moeten geven. De eigenaar van deze hoofdband kan echter alleen worden uitgedaagd door de eigenaar van de nummer twee hoofdband, terwijl de eigenaar kan worden uitgedaagd door elke tegenstander. Met de eed van wraak gaat Afro op zoek naar Justice, de moordenaar van zijn vader.