Kurokami Medaka is een uitzonderlijke eerstejaarsstudent aan de Hanokiwa Academy die met maar liefst 98% van de stemmen werd verkozen tot voorzitter van de studentenraad. Extreem intelligent, sterk en rijk; Ze wil iedereen in nood helpen. Om dat te doen, introduceert ze een ideeënbus waarmee elke student contact met haar kan opnemen. Later bekend als de Medaka Box, zal het ongelooflijke uitdagingen met zich meebrengen voor Kurokami en haar vrienden van de studentenraad.