Wat zou u doen als u plotseling midden in een oorlog terecht zou komen? Tiener Amuro Ray ziet zijn leven uiteenvallen als de oorlog zijn huis binnendringt. Tijdens de chaos bevindt Amuro zich in het mobiele pak Gundam, het nieuwe geheime wapen van de Earth Federation, en hij krijgt het op de een of andere manier aan de praat. Amuro en de andere vluchtelingen ontvluchten hun thuisland op het oorlogsschip White Base. Deze groep kinderen en onervaren soldaten zullen de uitkomst van de oorlog veranderen.