Kobato besluit een eerlijke, nederige burger te worden na een bittere ervaring te hebben doorstaan die bekend staat als 'wijsheidswerk'. Hij sluit een pact met Osanai, zijn klasgenoot met hetzelfde doel, en ze zijn van plan om naar de middelbare school te gaan en een rustig leven te leiden. Maar om de een of andere reden blijven er onverklaarbare gebeurtenissen en rampen om hen heen gebeuren. Zullen Kobato en Osanai er ooit in slagen om een gewoon, vredig leven te leiden?