Sakurasou, de slaapzaal voor probleemstudenten. Dit is waar Kanda Sorata woont. Op een dag trekt de jonge Shiina Mashiro daar in. Kanda voelt zich onmiddellijk tot haar aangetrokken en vertrouwt zichzelf de taak toe haar te beschermen tegen de 'echte' probleemstudenten. Maar Shiina is niet zoals elk ander meisje: aan de ene kant is ze zeer getalenteerd en begaafd, aan de andere kant kan ze niet alleen leven. Dit leidt tot een zeer onwillige relatie...