Een asteroïde is op weg naar de aarde en om de dreigende vernietiging van de aarde te voorkomen, creëert de ISDA de 'Dragonaut' na het vinden van een drakenei onder de oceaan. Het primaire doel van dit wapen is om de asteroïde te vernietigen wanneer de tijd daar is. Ze komen er echter al snel achter dat de asteroïde niet hun enige bedreiging is, want er verschijnen krachtige draakachtige wezens, die uit zijn op vernietiging. Nadat hij getuige is geweest van een moord door een van de wezens, raakt Jin Kamishina, een eenzame 18-jarige jongen die zijn familie verloor bij een shuttle-ongeluk, betrokken bij de mysteries van de draken en wordt hij de gekozen piloot van de Dragonaut. Hij wordt op zijn reis geholpen door Toa, een mysterieus meisje dat hem redt van zijn dood nadat het wezen hem heeft aangevallen.