Het verhaal gaat over een Amerikaans militair eliteteam genaamd G.I. Joe. Ieder teamlid heeft zijn of haar bijzondere vaardigheden. Het team moet het opnemen tegen de gevaarlijke terroristengroep Cobra, die de aarde aan zich wil onderwerpen. De vijand maakt daarbij gebruik van allerlei geavanceerde technologieën en futuristische wapens. Tijdens hun avonturen komen de personages terecht op exotische locaties over de hele wereld. Een aantal missies vinden zelfs plaats in de ruimte.