Het verhaal speelt zich duizend jaar na onze jaartelling af in Japan. Vijf kinderen, Saki, Satoru, Maria, Mamoru en Shun zijn geboren en getogen in een klein, rustig stadje dat het beste kan worden omschreven als een utopie. De wereld wordt geregeerd door mensen die de macht van goden hebben.Na een bepaald incident beseffen Saki en de anderen de ware aard van hun wereld.De vijf kinderen beginnen aan een gevaarlijk avontuur om hun vrienden en een hele wereld die op instorten staat te beschermen.