Mireille is een professionele moordenaar en woont in Parijs. Op een ochtend ontvangt ze een e-mail met het bevel om Kirika Yumura te vermoorden. De mail heeft een vreemde bijlage: 'Ga met me mee op mijn reis naar het verleden'. Maar dat niet alleen, er wordt ook een melodie gespeeld die Mireille bekend voorkomt. Het is de melodie van het zakhorloge van haar vader. Het klonk ook toen haar ouders werden vermoord door een mysterieuze huurmoordenaar. Haar volgende slachtoffer is dus de enige kans om de moordenaar van haar ouders te ontmaskeren. Wanneer ze Kirika ontmoet, worden ze plotseling aangevallen door duistere figuren. Maar op dit moment blijkt Kirika een vechtmachine te zijn en maakt ze korte metten met de mensen. Nu is de enige vraag waar het meisje deze buitengewone vaardigheid vandaan heeft om te doden en wie ze werkelijk is. Om daar achter te komen, besluit Mireille zich bij haar aan te sluiten.