Nadat Maebara Keiichi naar het rustige stadje Hinamizawa is verhuisd, brengt hij zijn dagen zalig door op school en speelt hij vaak spelletjes met zijn plaatselijke vrienden. Schijn bedriegt echter. Op een noodlottige dag stuit Keiichi op nieuws over een moord in Hinamizawa. Vanaf dit punt ontvouwen zich gruwelijke gebeurtenissen voor Keiichi, terwijl hij er al snel achter komt dat zijn goede vrienden misschien niet alles zijn wat ze lijken. Gebaseerd op het amateur-mysteriespel van 07th Expansion, wordt het verhaal verteld in een reeks verschillende scenario's.