Oreki Houtarou is een minimalistische middelbare scholier. Op een dag wordt hij op verzoek van zijn oudere zus lid van de Classic Literature Club. Daar ontmoet hij Chitanda Eru, Fukube Satoshi en Ibara Mayaka. Chitanda is een kalm, mooi meisje, maar ze verandert in een belichaming van nieuwsgierigheid zodra ze zegt: 'Ik ben nieuwsgierig.' Fukube is een glimlachende jongen met een fantastisch geheugen die zichzelf een database noemt. Ibara is een klein meisje en is streng tegenover anderen en zichzelf. Ze beginnen een zaak te onderzoeken die 45 jaar geleden heeft plaatsgevonden. Hints van het mysterie zijn begraven in een oude collectie werken van de voormalige leden van Classics Club. De collectie is getiteld 'Hyouka.'