Nadat Andy Flynn Sharktopus (een half haai- half octopus schepsel) heeft vernietigd drijven zijn resten in de oceaan. Er is echter een eicel bewaard gebleven en de marinebioloog Lorena besluit de nakomeling groot te brengen in het aquarium van haar oom. Ondertussen werkt dokter Rico Symes aan zijn eigen biologische wapen. Met behulp van het DNA van een Pterodactylus en een barracuda creëert hij een monster dat zowel het land, de lucht als de zee kan terroriseren. Alles gaat volgens plan, totdat het schepsel wordt ontvoerd door een corrupte ingenieur die het probeert te verkopen aan de hoogste bieder.