Na zijn gevangenneming wegens poging tot moord op de Raikage, leider van Kumogakure, en het vermoorden van Jōnin uit Kirigakure en Iwagakure, wordt Naruto opgesloten in Hōzukijou: een criminele insluitingsfaciliteit die bekend staat als de Bloedgevangenis. Mui, de kasteelmeester, gebruikt de ultieme gevangenschaps techniek om de macht van de gevangenen te stelen, en dat is wanneer Naruto merkt dat zijn leven het doelwit is. Zo begint de strijd om de waarheid achter de mysterieuze moorden te ontdekken en Naruto's onschuld te bewijzen.