Selepas pemberontak menyerang Bumi, pewaris yang berjiwa bebas menjadi suspek utama dan menyertai unit tentera khas untuk mencari dalang sebenar di Bulan.
Jack dan kawannya bergegas untuk menghadiri sambutan besar tanpa menyedari bahawa wujudnya pemberontakan yang mengancam untuk membolak-balikkan kehidupannya.
Selepas serangan itu, Jack terjaga di hospital dan mendapati kota itu sudah binasa. Dia bergegas pulang untuk mendapatkan jawapan tetapi dilawati pihak berkuasa.
Tragedi yang meruntun hati menimbulkan memori tentang perjalanannya yang perit dengan skuad VC3, lantas mengingatkan Jack kepada perbualan yang penting dengan Eric.
Misi skuad itu yang seterusnya: menangkap sekutu rapat Bob Skylum sebelum Tentera Gabungan. Jack membuat penemuan yang mengejutkan selepas bersemuka dengan sasarannya.
Saat skuad bergelut dengan serangan bertubi-tubi, Jack cuba memahami pertembungannya yang mengubah segalanya. Bolehkah dia mempercayai Phil setelah segala yang berlaku?
Windy menyusupi Pangkalan Goddard. Sementara itu, skuad yang dibimbing oleh Mary mendapat tahu kesan konflik antara Bumi dengan Bulan terhadap penduduk Bulan.
Phil mengingati memori hitam apabila Dr. Salamandra tiba dengan berita tergempar. Di Stesen Delambre, Mary berkongsi kisah masa lalunya dengan Jack apabila Rhys mencelah.
Inanna jatuh sakit secara tiba-tiba. Walaupun Mary mengenali seseorang yang pandai berubat, mereka berada di arah bertentangan. Bolehkah skuad itu menyimpang sebentar?
Dr. Salamandra pergi dari medan pertempuran bersama Jack untuk menghalang Zon L yang mengamuk. Mereka bergelut untuk menumpaskan entiti itu — sehinggalah Mary muncul.
Ketika Zon L yang liar mara ke arah Kota Agarum, skuad itu terpaksa menerima penemuan sifat Mary yang penuh misteri. Kemudian, pangkalan mereka terjejas.
Semasa pertempuran antara pemberontak dengan Tentera Gabungan berterusan, Jack menghadapi Rhys dalam persemukaan yang pahit. Mary meminta sesuatu dengan terdesak.
Tiga belas tahun lalu, Rhys bertemu dengan Jack buat kali pertama. Pada masa ini, skuad VC3 terjerumus dalam pertempuran zon yang sengit untuk mencapai sasaran mereka.
Masa semakin suntuk buat Rhys dan pasukannya tetapi pertemuan semula yang tidak disangka mengganggu misi mereka. Kemudian, Mary dan Jack merenungkan kejadian setakat ini.
Phil menceritakan kisah hari dia mendapat tahu kebenaran tentang segalanya dan berkongsi maklumat tentang tujuan sebenar Jack. Dr. Salamandra menyoal siasat Rhys.
Sementara Zon L mengepung Kota Copernicus, Zowan dan Duan membebaskan Rhys. Dalam pertarungan dengan pemberontak, Inanna dan skuad itu perlu membuat keputusan sukar.
Berikutan pergelutan yang berbahaya, Zon L mula mengamuk dan menyerap Mary dalam kekacauan itu. Bolehkah Phil dan Jack menyelamatkan dia dan Bulan sebelum terlambat?
