Pada tahun 2138, permainan realiti maya sedang meletus. Yggdrasil, satu permainan dalam talian popular, ditutup secara diam-diam suatu hari. Namun, seorang pemain bernama Momonga memutuskan untuk tidak log keluar. Momonga kemudian ditukar menjadi bentuk tulang belulang sebagai "sang penyihir paling kuasa". Dunia terus berubah, dengan watak tidak pemain (NPC) mula merasakan emosi. Tanpa ibu bapa, rakan atau tempat dalam masyarakat, lelaki biasa ini, Momonga, kemudian berusaha menakluk dunia baru yang telah menjadi permainan itu.