Semasa Perang Dunia Kedua berkecamuk, remaja Mahito, yang dihantui oleh kematian tragis ibunya, dipindahkan dari Tokyo ke rumah luar bandar yang tenang ibu tiri barunya Natsuko, seorang wanita yang mempunyai persamaan yang ketara dengan ibu budak lelaki itu. Semasa dia cuba menyesuaikan diri, dunia baharu yang pelik ini menjadi lebih pelik berikutan kemunculan bangau kelabu yang berterusan, yang membingungkan dan membenci Mahito, menggelarnya "yang telah lama ditunggu-tunggu."