Apabila Sosuke, seorang budak lelaki yang tinggal di puncak tebing yang menghadap ke laut, menyelamatkan ikan emas yang terdampar bernama Ponyo, dia menemui lebih daripada yang dia tawarkan. Ponyo ialah makhluk muda yang ingin tahu dan bertenaga yang mendambakan untuk menjadi manusia, tetapi walaupun dia menyebabkan kekacauan di sekitar rumah, bapanya, seorang ahli sihir yang berkuasa, merancang untuk mengembalikan Ponyo ke laut.