Beberapa dekad selepas kemusnahan Empayar Inca, ekspedisi Sepanyol yang diketuai oleh Aguirre yang terkenal meninggalkan pergunungan Peru dan menyusuri Sungai Amazon untuk mencari bandar El Dorado yang hilang. Apabila kesukaran besar timbul, orang-orang Aguirre mula tertanya-tanya sama ada pencarian mereka akan membawa mereka kepada kemakmuran atau kematian yang pasti.