Alex, Marty, dan haiwan zoo lain mencari jalan untuk melarikan diri dari Madagascar apabila penguin memasang semula kapal terbang yang rosak. Kapal yang dibaiki dengan tidak menentu itu kekal di udara cukup lama untuk sampai ke benua Afrika. Di sana penduduk New York bertemu dengan ahli spesies mereka sendiri buat kali pertama. Afrika terbukti menjadi tempat yang liar, tetapi Alex dan rakan-rakannya tertanya-tanya sama ada ia lebih baik daripada rumah Central Park mereka.