Kay dan Jay bersatu semula untuk memberikan barisan pertahanan terbaik, terakhir dan satu-satunya kami terhadap penggoda jahat yang memberikan cabaran paling sukar kepada pernyataan misi MIB yang tidak tercemar – melindungi Bumi daripada sampah alam semesta. Sudah empat tahun sejak ejen pencari makhluk asing mengelakkan bencana antara galaksi dengan perkadaran epik. Kini ia adalah perlumbaan melawan masa kerana Jay mesti meyakinkan Kay – yang bukan sahaja tidak mempunyai ingatan tentang masanya yang dihabiskan dengan MIB, tetapi juga satu-satunya orang yang masih hidup yang tinggal dengan kepakaran untuk menyelamatkan galaksi – untuk bersatu semula dengan MIB sebelum bumi tunduk kepada kemusnahan muktamad.