Tokijas, Antrojo pasaulinio karo pabaiga Ramiajame vandenyne. Vienuolikmetis Mahito per gaisrą netenka mamos ir su tėčiu persikelia gyventi į mamos gimtąjį miestą. Jie įsikuria dideliame, sename name. Namo teritorijoje stūkso paslaptingas bokštas, kuriame apsigyvena pilkasis garnys. Mahito apninka sudėtingi jausmai bendraujant su tėčiu, kuris vadovauja karo pramonės gamyklai, ir su pamote Natsuko, jaunesniąja berniuko motinos seserimi. Prie visų rūpesčių prisideda ir problemos mokykloje. Mahito sužino, kad bokštą pastatė jo prosenelės brolis, galiausiai jame paslaptingai pradingęs. Vieną dieną, staiga dingus Natsuko, Mahito leidžiasi į bokštą jos ieškoti. Lydimas pilkojo garnio, jis pats to nežinodamas pasineria į ilgą kelionę po nepažįstamą pasaulį. Mahito atsiduria keistoje karalystėje, kur kartu gyvena gyvieji ir mirusieji. Susipažindamas su keistais šios karalystės gyventojais, berniukas atskleidžia pasaulio paslaptis.