Pirmojoje dalyje, mokslininkai painiuose labirintuose it laboratorines žiurkes įkalino kruopščiai atrinktus jaunuolius ir stebėdami jų elgseną bei reakcijas, nagrinėjo intelektą, sumanumą, gebėjimą išgyventi ekstremaliomis sąlygomis ir kitas savybes. Jaunasis Tomas su likimo draugais patekęs į paslaptingą labirintą ir kasdien matęs, kaip žūsta jo naujieji pažįstamai – išgyveno. Jis manė jau ištrūkęs iš daugeliui mirtinais spąstais tapusio labirinto, tačiau vieną dieną paaiškėja, kad tiesa yra visai kitokia. Išgyvenusieji eksperimento dalyviai – vis dar labirinte. Tik šįkart – dar sudėtingesniame ir pavojingesniame. Tomo ir kitų laboratorinėmis žiurkėmis tapusių jaunuolių laukia dar didesnis iššūkis: išaiškinti, ko siekia su jų likimais žaidžianti WCKD organizacija ir išgyventi liepsnojančia dykviete tapusiame naujajame pasaulyje.