평화와 함께 근대화가 진행된 나뭇잎 마을. 높은 빌딩이 늘어서고 거대 모니터에는 영상이 흐르며 구획과 구획을 잇는 전차가 마을을 달린다. 닌자들의 마을이라고는 하지만 보통의 사람들이 늘어나 닌자들의 삶의 방식도 변하는 시대 마을의 리더, 7대 호카게 우즈마키 나루토의 아들인 보루토는 닌자를 육성하는 학교 “닌자 학교 (아카데미)”에 입학한다. 주변의 학생들은 보루토를 “호카게의 아들”이라며 편견을 가진 눈으로 보지만, 보루토는 전대미문의 천성으로 그런 것 따위 신경쓰지 않는다! 보루토는 새로운 동료들과 만나고 발발하는 미지의 사건들에 어떻게 도전할 것 인가? 모두의 마음 속을 질풍과 같이 뛰게 하는 “우즈마키 보루토”의 이야기가 지금 시작된다!!