서기 2525년, 우주 식민지화로 반란군과 끊임없는 전쟁을 벌이는 인류 식민지 중 하나인 서시너스-4 행성의 코불로 사관학교에서는 반란군들을 일망타진하기 위한 정예부대가 혹독한 훈련을 소화해내고 있다. 그러던 어느 날, 인간 말살을 도모하는 외계 생명체 코버넌트가 갑작스럽게 침공하고 행성은 순식간에 전멸 위기에 처하고 만다. 죽음이 코 앞에 다가왔다고 생각한 순간 극적으로 마스터 치프가 등장해 살아남은 생도들을 구해낸다. 행성을 탈출하기 위해 이동하던 중 이들은 절체절명의 위기에 빠지고, 마스터 치프와 생존자들은 함께 외계 생명체에 맞서 자신의 한계에 도전하는 최후의 작전을 펼치게 되는데…