평범한 고등학생 잇토키는 어느 날 코가 닌자들에게 목숨을 위협받고, 자신이 이가 닌자 정통 후계자라는 것을 알게 된다. 오랜 세월 이어진 코가와 이가의 대립 속에서 잇토키는 살아남기 위해 닌자가 되기로 결심한다.