첫 우주 식민지 에덴에서 통합군의 차세대 전투기종을 선정하기 위한 테스트가 진행되고, YE 19와 YE 21의 테스트 파일럿으로 재회한 이사무와 가루도는 여자친구 뮨을 두고 갈등했던 과거로 다시 상처받고, 이것은 차세대 기종 테스트에까지 이어진다. 한편 뮨이 프로듀서하는 버추얼 아이돌 샤론 애플은 인간정신을 다시 지배하고자 마크로스 시티에서 콘서트를 연다. 후반부에 이사무와 가루도의 갈등은 해결되지만 가루도는 두 사람의 공중전에서 죽게 되고, 이사무는 샤론의 음모 속에 위기를 맞는 샤론을 저지하고 뮨을 구한다.