전국으로부터 스포츠나 학문은 물론이고 갬블, 점술, 프로그래밍 등 각종 분야의 초고교급 재능을 가진 소수의 학생들을 선발해 교육하는 특수고교에 초고교급 행운이란 명목으로 추첨을 통해 입학한 소년 나에기 마코토. 첫 등교날 그는 다른 신입생들과 함께 학교 내부에 감금을 당하고, 어디선가 나타난 정체불명의 기계 곰 모노쿠마의 명령에 따라 서로를 죽인 뒤 범인을 추리해내야 하는 살인게임을 강요받는다.