스티치가 줌바 박사의 사랑받는 실험체 626이었다면, 다른 625마리 실험체들은 어떻게 되었을까? 줌바의 남은 실험체들은 바람 빠진 공 모양으로 하와이에 모두 착륙한다. 실험체들은 물속에 잠기면 활성화되고 각 실험체는 스티치처럼 파괴력과 유머 감각이 있다. 릴로와 스티치의 임무는 스티치의 사촌들이 악당 쟈크 본 햄스터비엘 박사와 심복 간투의 손아귀에 떨어지기 전에 붙잡고, 실험체들의 악한 본성을 선으로 바꾸고, 각 실험체가 공동체에 소속되어 사회에 이바지할 수 있는 장소를 찾아주는 일이다.