인류가 우주에 진출하게 된 시대, 지구는 우주생물군(통칭 우주괴수 STMC)에 의한 격렬한 공격을 받는다. 그 위협을 이기기 위해 지구는 머신 병기의 후속기인 버스터 머신 건버스터를 제조하고 그 탑승원에 선발된 톱 부대의 한 사람 타카야 노리코의 양 어깨엔 인류의 미래가 달려 있다.