때는 가까운 미래. 애니메이션 작품 『기동전사 건담』 플라스틱 모델 - 통칭『건프라』가, 1980년대에 일대 붐을 일으킨 후 몇년뒤. 지금, 제 2차 건프라 붐이라 불릴 새로운 흐름이 세계를 석권하고 있다. 그 인기를 견인하고 있는 것이 제작한 건프라 그 자체를 조종하여 싸우는 『건프라 배틀』의 존재다. 이 획기적인 배틀 시스템 등장으로, 인기가 확대되어 매년 건프라 배틀 세계대회가 개최되기에 이르렀다. 본편의 주인공, 이오리 세이 도 건프라를 사랑하고, 건프라 배틀 세계대회의 출장을 꿈꾸는 목적은 건프라 빌더(제작자)이다. 모형점의 외아들이라는 점도 있어서, 뛰어난 건프라 제작 능력을 가진 그지만, 배틀 조작에는 문외한이라, 대회에 출전해도 계속해서 첫 시합에서 탈락하였다. 그러한 그가, 탁월한 건프라 조작기술을 가진 소년, 레이지와 만나서 콤비를 짜고 세계대회에 도전한다!. 건프라 빌더, 세이 건프라 파이터 레이지. 세이가 만들고 레이지가 싸운다. 그들이 바로 소문이 자자한 빌드 파이터즈목표는, 건프라 배틀 세계대회의 우승이다