서기 1999년, 태평양 위에 정체불명의 거대 우주 전함이 추락하는 사태가 발생한다. 이를 보고 외계에서의 위협을 직감한 인류는 이에 대비하기 위해 UN의 주도 아래 지구상의 모든 국가를 해체하고 통합 정부를 수립하기로 한다. 이후 오랜 통합전쟁을 거쳐 지구 통합 정부가 수립되었고, 추락한 우주전함을 수리, 개조해 '마크로스'라는 이름을 붙이게 된다. 그리고 2009년에 열린 마크로스의 진수식(進水式)에서 외계 집단인 젠트라디의 함대가 습격해오고, 마크로스는 젠트라디군의 포위망을 뚫기 위해 폴드 항해를 통해 우주로 탈출하게 된다. 한편, 뜻하지 않게 젠트라디와의 전투에 휘말린 곡예 비행사 이치죠 히카루는 전투 중에 만난 소녀인 린 민메이를 지키겠다는 일념으로 군에 입대해 젠트라디와의 싸움을 시작하게 되는데...