어느 날 일반 진학교인 쿠누기가오카 중학교의 낙오자반이라고 불리는 3학년 E반에 정부 사람들과 인간이 아닌 정체불명의 생물이 찾아온다. 이 수수께끼의 생물은 어느 날 갑자기 나타나 달의 70%를 날려 버린 초생물로 내년에 지구를 날려버리겠다고 선언한 공공의 적. 마하 20의 속도로 하늘을 날며, 상상을 초월한 공격력과 다양한 능력을 가진 이 생물이 무슨 이유에서인지 ‘쿠누기가오카 중학교 3학년 E반의 선생님으로 일하겠다는 제안을 했고, 세계는 그것을 받아들인 것이다. 정부는 감시와 동시와 암살을 할 수 있기 때문에 이 제안을 승낙한다. 암살 성공의 보수 100억 엔과 인류의 운명을 걸고 30명의 중학생과 살생님의 긴장감 넘치는 수업이 시작된다.