연금술의 법칙을 무시한 결과, 에드워드 엘릭의 사지 절반이 몸에서 떨어져 나가고 형제 알폰스의 영혼이 갑옷에 매달린다. 잃어버린 것을 회복하기 위해, 형제들은 철학자의 돌을 찾는다. 적과 동맹—부패한 군대, 호문쿨리, 외국 연금술사—는 엘릭 형제의 길을 바꿀 것이지만, 그들의 목적은 변하지 않고 결속은 깨질 수 없다.