동물학자인 어머니 ‘엘레나’(에바 롱고리아), 고고학자인 아버지 ‘콜’(마이클 페나)과 함께 열대 우림을 모험하며 어린 시절을 보낸 ‘도라’(이사벨라 모너)는 이제 16살이 됐다. 할머니(아드리아나 바라자)와 사촌 ‘디에고’(제프리 월버그)와 도시에서 살게 된 ‘도라’는 무질서한 학교에 입학하게 된다. 어느 날, 현장 학습으로 간 자연사 박물관에서 ‘도라’와 세 친구들은 의문의 도둑 무리에게 납치당한다. 그들은 역사상 가장 진귀한 고고학적 발견물인 고대의 잃어버린 도시 파라파타와 ‘도라’의 부모님을 만나길 소망하는데… ‘도라’와 그의 원숭이 ‘부츠’, 그리고 친구들은 수백년 전 잃어버린 도시의 비밀을 찾아 부모님을 구해낼 수 있을까?