런던 생활 3년 차, 현지 적응 완료한 패딩턴은 이발소 보조, 아쿠아리움 청소, 창문 닦기까지 섭렵 자칭 알바 마스터로 거듭난다. 루시 숙모의 100번째 생일 선물 비밀의 ‘팝업북’을 사기 위해 한 땀 한 땀 돈을 모으던 패딩턴에게 닥친 곰생 최대 위기! 변장의 대가 피닉스에 의해 비밀의 팝업북 도둑 누명을 쓰고 감옥에 갇히게 된 것! 그러나 이대로 물러설 수는 없다. 새로운 감옥 친구들과 브라운 가족의 도움으로 탈출을 감행, 진짜 범인 피닉스를 찾기 위한 털 날리는 추격을 시작하는데...