미스터리한 조직 ‘위키드’에게 잡힌 ‘민호’(이기홍)를 구하기 위해 ‘토마스’(딜런 오브라이언)와 러너들은 ‘위키드’의 본부가 있는 최후의 도시로 향한다. 인류의 운명이 걸린 ‘위키드’의 위험한 계획을 알게 된 ‘토마스’와 러너들은 마지막 사투를 준비하지만, ‘토마스’는 친구와 인류의 운명 앞에서 딜레마에 빠지게 되는데…