군사용으로 프로그램된 인공지능 칩이 내장된 장난감이 개발된다. 코만도 엘리트의 대장 칩 해저드(Major Chip Hazard: 토미 리 존스 목소리 분)는 고고나이트를 멸망시키기 위해 자신만큼이나 잔인하고 폭력적인 특공부대를 소집한다. 하지만 숨기가 특기인 고고나이트들은 이미 사라지고 없다. 고고나이트 찾기에 혈안이 된 해저드 대장은 각종 무기와 장비를 구비하여 대대적인 고고나이트 수색 작전을 펼치고 인간 세계에 숨어든 고고나이트의 리더 아처(Archer: 프랭크 란젤라 분)를 발견한다. 해저드에게는 이제 인간들도 숙청해야 할 고고나이트의 한패거리로 입력된다. 칩 해저드 대장은 부대를 이끌고 아처의 은신처로 침입해 아처와 한패인 인간의 약점을 알아내고 바로 작전에 돌입한다. 아처와 함께 있던 소년(Alan Abernathy: 그레고리 스미스 분)의 여자 친구(Christy Fimple: 커스틴 던스트 분)를 인질로 삼은 코만도 일당은 '고고나이트'와의 교환을 협상 조건으로 제시한다. 하지만, 아처의 속임수에 넘어간 해저드는 약이 오를대로 오르고, 수단과 방법을 가리지 않는 잔인한 전쟁이 시작된다.