1955년 일본의 아름다운 시골 마을, 상냥하고 의젓한 11살 사츠키와 장난꾸러기에 호기심 많은 4살의 메이 는 사이좋은 자매로 아빠와 함께 도시를 떠나 시골로 이사온다. 자상한 아빠 쿠사카베타츠오는 도쿄에서 대학 연구원이며, 입원 중이지만 따뜻한 미소를 잃지 않는 엄마가 있다. 곧 퇴원하실 엄마를 공기가 맑은 곳에서 맞이하기 위해서다. 숲 한복판에 금방이라도 쓰러질 것처럼 낡은 집을 보며 자매는 새로운 환경에 대한 호기심으로 잔뜩 들뜬다. 그러던 어느 날 사츠키가 학교에 간 동안 메이는 숲에서 정령을 만나다. 메이는 그 정령에게 토토로란 이름을 붙여주는데...