부모님을 잃고 혼자가 된 ‘루이스’는 유일한 혈육인 삼촌 ‘조나단’(잭 블랙)을 찾아가고 그와 함께 살게 된다. ‘조나단’의 오랜 친구이자 이웃사촌인 ‘플로렌스’(케이트 블란쳇) 또한 ‘루이스’를 반갑게 맞아주지만 ‘루이스’는 어딘가 미스터리한 이 집에서의 생활이 두렵다. 한편, 매일 밤 무언가를 찾아 집을 돌아다니는 ‘조나단’은 자신을 수상하게 여기는 ‘루이스’에게 결국 자신과 ‘플로렌스’가 마법사임을 고백하고, 모든 것이 살아 움직이는 미스터리한 이 집에 숨겨진 비밀스러운 시계의 존재를 알려준다. 집 안을 채우는 종소리가 사라지기 전, 시계를 찾아 세상을 집어 삼키려는 저주를 풀어야만 하는 ‘조나단’과 ‘플로렌스’! 하지만 이들을 도우려던 ‘루이스’로 인해 깨어나선 안될 존재까지 눈을 뜨고 마는데... 과연 세 사람은 비밀의 시계를 찾아 위기에 빠진 세상을 구할 수 있을까?