포켓몬 콘테스트를 위해 아라모스 마을을 찾은 지우, 빛나, 웅. 그런데 그곳에서 전설의 포켓몬 디아루가와 펄기아의 배틀이 벌어지고, 어떤 이유인지 환상의 포켓몬 다크라이까지 합세하게 된다. 지우와 피카츄, 그리고 그곳에 있던 모든 포켓몬들은 유례없는 대결로 위험에 빠진 아라모스를 지키려 하고, 그 과정에서 사상 최대의 포켓몬 대전투의 막이 열리게 되는데…