스케이트 보드 타기를 가장 좋아하고, 여자 앞에서 한마디도 제대로 못하는 평범한 학생 '코디 뱅크'. 하지만 그에겐 가족 조차 모르는 비밀이 있다. 최고 기밀 기관에서 특수임무수행 능력을 훈련 받은 비밀 요원이라는 것. 코디는 모든 남학생들의 선망의 대상인 '나탈리 코너'의 남자친구가 되어 거대한 야욕을 품고 '나노보트' 함대를 개발하고 있는 과학자인 그녀의 아버지를 감시하라는 임무를 부여 받게 된다. 나탈리의 마음을 사로잡고 세계 평화를 지키기 위한 신세대 스파이 코디 뱅크의 대활약이 시작되는데...