배트맨이 조커와의 대결을 끝으로 세상에서 모습을 감춘 8년 후, 하비 덴트의 죽음에 대한 책임을 떠안은 배트맨은 모든 것을 희생하며 떠난다. 범죄방지 덴트법으로 인해 한동안 평화가 지속되던 고담시의 파멸을 예고하며 나타난 마스크를 쓴 잔인한 악당, 최강의 적 베인이 등장한다. 베인은 배트맨이 스스로 택한 유배 생활에 종지부를 찍게 하지만, 다시 돌아온 배트맨에게 베인은 만만한 상대가 아니다. 자신을 거부한 사람들의 고통을 지켜볼 것인가, 정의의 수호자로 나설 것인가. 배트맨은 승패를 알 수 없는 마지막 전투를 시작하려 하는데...