사막에서 길을 헤매던 지우와 포켓몬 일행은 '포켓몬 레인저 잭 워커(일명 잭)'을 만난다. 잭은 수중 몬스터 '마나피'의 알을 아크셔 신전까지 안전하게 배달하는 미션을 맡았다. 지우 일행은 잭과 함께 하기로 하지만 '마나피'의 알을 노린 바다의 해적인 '팬텀 톨프'의 공격을 받는다. 팬텀 톨프는 전설의 보물인 '바다의 왕관'의 힘으로써 세계정복을 이루려는 야심가! 과연 지우와 포켓몬 레인저 일행은 이 어려운 상황에서 바다의 왕자 마나피를 보호하고, 보물 '바다의 왕관'을 찾을 수 있을 것인가?