불길한 혜성 레파루스의 인도에 의해, 황금사과에 봉인되고 있던 불화의 여신 에리스가 세이야가 자란 고아원인 별의 아이 학원의 소녀·아이자와 에리의 육체에 빙의 해 지상에 강림했다. 아테나의 힘을 빼앗아 완전 부활하려 하는 에리스를 저지하고 아테나를 구출하기 위해 출동한 세이야들을 에리스의 힘으로 부활한 고스트 세인트들이 가로막는다.