‘키라’와 ‘L’의 죽음 10년 후, 지구 곳곳에서는 이유를 알 수 없는 죽음이 번져가기 시작한다. 사라진 ‘데스노트’와 연관이 있음을 직감한 일본 경시청은 데스노트 특별수사 대책 본부를 세우고, 데스노트를 이용한 범죄와의 전면전을 선포한다. 그러던 중 일본 도쿄 한복판에서 많은 사람들이 동시다발적으로 사망하는 사건이 발생한다. 그와 동시에 의문의 해커로부터 자신이 키라라는 바이러스 메시지가 퍼지면서, 여섯 권의 데스노트가 다시 나타났음을 알게 된다. 여섯 권의 데스노트를 모두 손에 넣어 세상을 지배하려는 의문의 해커 ‘시엔’을 막기 위해 천재적인 추리력을 지닌 ‘류자키’와 데스노트 특별수사팀 팀장 ‘미시마’가 수사에 박차를 가하게 되면서 이들은 피할 수 없는 대결을 하게 되는데... 여섯 권의 데스노트 차지할 것인가, 빼앗길 것인가! 전쟁은 다시 시작됐다!