西暦2030年、電脳化が一般化され情報ネットワークが高度化する中で光や電子として駆け巡る意思を一方向に集中させたとしても「孤人」が複合体としての「個」となるまでには情報化されていない時代。複雑化する犯罪に対抗するため、内務省直属の独立防諜部隊として設立された「公安9課」（通称「攻殻機動隊」）の活躍を描く。サイバー犯罪の捜査やテロリズムの抑止・検挙、要人警護、汚職摘発など極秘裏な任務は多岐にわたるが、遂行していくうちにある一つの事件が浮かび上がっていく。