近未来都市”東京”。ハイパーテクノロジーの急速な発展と共にあらゆる分野に進出した汎用人間型作業機械、レイバー。しかし、それはレイバー犯罪と呼ばれる新たな社会的脅威をも生み出すことになる。警視庁は続発するレイバー犯罪に対抗すべく本庁警備部内に特殊車輌二課を設立し、これに対抗した。通称特車二課パトロール・レイバー中隊「パトレイバー」の誕生である。