宇宙世紀0083年。地球連邦軍トリントン基地のテストパイロット、コウ・ウラキと、アナハイムエレクトロニクス社のエンジニア、ニナ・パープルトンの目の前で、核弾頭を搭載したガンダム試作２号機がジオン軍残党のアナベル・ガトーに強奪される。ガンダム試作１号機のパイロットとなったコウは、戦艦アルビオンに搭乗し２号機を追撃する。だが、宇宙へと脱出したガトーを追うアルビオンを待っていたのは、新たな敵シーマ・ガラハウと、デラーズ・フリートの決起だった。