謎の生命体・精霊の出現により起こる大災害・空間震が発生するようになって、約30年が経った世界。 妹と2人暮らしの高校生・五河 士道は、人間に絶望する精霊と出会う。そして、妹・琴里から、自分が精霊と交渉して、世界と精霊両方を救うことのできる存在であることを知らされる。しかし、その方法は「精霊とデートして、デレさせる」というものだった。 妹の理不尽な訓練の末、再び精霊の少女と出会った士道は彼女に十香という名をつける。 そして、士道は、様々な精霊たちとの”デート”を繰り返していく中で、自らの出自、さらには精霊という存在の詳細、それを取り巻く陰謀を知ることになる。